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I want to run a pipeline on a cluster where the name of the jobs are of the form : smk-{config["simulation"]}-{rule}-{wildcards}. Can I just do :

snakemake --profile slurm --configfile myconfig.yaml

With slurm/config.yaml being :

executor: slurm
jobs: 64
latency-wait: 30
cluster:
    sbatch
        --partition=workq
        --job-name=smk-{config["simulation"]}-{rule}-{wildcards}
        [...]

本文标签： pythonSnakemake access snakemakeconfig in profile configyaml fileStack Overflow

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