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文章目录

  • 前言
  • 一、选择合适的分子范围
  • 二、数据集下载
  • 三、Windows安装Wget
  • 四、准备就绪，傻瓜式下载分子集！
  • 总结

前言

使用Windows环境，在进行分子对接或者人工智能分子筛选时需要从ZINC数据库中下载小分子数据集可参考以下步骤。

一、选择合适的分子范围

  1. 进入ZINC15网站 点击这里
  2. 点击Tranches
  3. 可按条件根据个人需求选择合适的分子范围

二、数据集下载

  1. 选好合适分子范围后点击下载

  2. 下载界面我们可以选择时间、下载文件类型和下载方法，这里由于我只需要获取smiles分子式因此选择smi文件，下载方法选WGET

  3. 下载完成后你会获得一个.wget文件，其中包含了多个wget指令对应下载多个分块子集中的分子（可用记事本打开查看）

三、Windows安装Wget

  1. Windows环境需要手动安装Wget指令，点击这里下载Wget，下载ZIP或EXE都可以（ZIP解压后包含EXE文件），然后将下载下来的wget.exe执行文件放入C:\Windows\System32
  2. 完成上步之后可以管理员打开cmd输入wget -help查看是否安装成功，如果显示了一串指令帮助说明安装成功

四、准备就绪，傻瓜式下载分子集！

  1. 将前面下载的.wget文件后缀改成.bat
  2. 将修改后的.bat文件放入你想要下载数据集的目录下（比如这里我建立了一个datasets文件夹用来存放数据），然后直接双击运行.bat文件！（注意 ！不要！以管理员身份运行）
  3. 然后系统会自动执行里面的wget指令进行下载，耐心等待下载完成即可！

总结

本文写于2022.6.17，ZINC网站使用方法和分子范围可能会随时间进行更新变化，请以网站说明为准

本文标签： 批量库中分子简单环境

版权声明：本文标题：【超简单！】如何在ZINC库中批量下载虚拟筛选小分子数据集 （Windows环境下） 内容由网友自发贡献，该文观点仅代表作者本人， 转载请联系作者并注明出处：http://www.betaflare.com/biancheng/1726369837a1082559.html， 本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌抄袭侵权/违法违规的内容，一经查实，本站将立刻删除。